После поступления на работу в Мурманское пароходство талантливый молодой специалист Юрий Гильц вскоре был назначен начальником отдела, а через год — начальником финансового управления. На этой должности Юрию Борисовичу, помимо широкого круга повседневных обязанностей, пришлось, наряду с другими руководителями пароходства, занимался очень ответственным делом — реструктуризацией обязательств компании, которая в те годы переживала серьёзные финансовые проблемы. Команде профессионалов удалось сохранить репутацию крупнейшего морского перевозчика Северного региона.

В 2001 году Юрию Борисовичу, имеющему уже немалый опыт управленческой деятельности, предложили должность первого заместителя генерального директора — директора департамента экономики и финансов ОАО «Северное Морское пароходство». Новое назначение стало не только ступенью карьерного роста, но и предоставило хорошую возможность для дальнейшего профессионального развития в области шиппинга. Юрий Борисович благодарен судьбе, которая направила его в столь многогранную область международной деятельности, охватывающей перевозки, транспортную логистику, судостроение и техническое обслуживание флота, формирование экипажей, морское право и страхование.

Спустя два года его ждало новое назначение — первым заместителем генерального директора Дальневосточного пароходства. Перед «антикризисной» командой, в которую вошёл Юрий Борисович, акционерами были поставлены серьёзные задачи. Судоходную компанию «постперестроечного» периода нужно было преобразовать в интегрированную логистическую группу в соответствии со всеми международными стандартами судоходства. Принятые опытными специалистами меры уже через три года показали ощутимые результаты. Компания, названная позднее FESCO, стала широко известна в мире, с новыми современными судами, с размещением акций на биржах, евробондами. Конструктивные изменения коснулись всех структур FESCO, в том числе и входящего в группу Владивостокского морского порта. Юрий Борисович лично участвовал в разработке коллективного договора, системы мотивации сотрудников.

Профессиональные достижения Гильца Ю.Б. нашли признание в российском бизнес-сообществе. За годы работы в FESCO он неоднократно входил в рейтинг ТОП-100 лучших финансовых менеджеров России, который проводит ведущее бизнес-издание «КоммерсантЪ».

В транспортной группе FESCO Юрий Борисович работал до августа 2013 года, последние два года — в должности президента.

Посвятив развитию FESCO более десяти лет, Гильц Ю.Б. решил применить свой опыт в другой сфере грузового транспорта, когда ему предложили возглавить группу железнодорожных операторов Rail Garant, с годовым оборотом 35,5 млн тонн.

Но летом 2017 года он получил новое интересное предложение. Руководство международной транспортной группы UCL Holding рекомендовало Юрия Борисовича на должность управляющего директора Северо-Западного пароходства. Он воспринял поступившее предложение как высокую оценку своих профессиональных качеств и возможность вернуться в морской бизнес, которому отдал почти двадцать лет. Гильца Ю.Б. Северо-Западное пароходство заинтересовало своей уникальной бизнес-моделью, связанной с оперированием судами «река-море».

Сегодня Юрий Борисович, как управляющий директор и профессионал морской отрасли, видит хорошие перспективы для пароходства. В декабре 2017 года его командой была разработана стратегия развития компании на ближайшие годы. Приоритетным пунктом в ней стоит строительство флота. В ближайшее время будет выбран проект строительства серии теплоходов. Управляющий директор СЗП уверен, что новый флот даст мощный импульс для развития компании.