В июне 2000 года был рекомендован руководством компании «Новые программы и концепции» на должность заместителя генерального директора по имущественному комплексу Северо-Западного пароходства. До пароходства около пяти лет работал в Фонде имущества Санкт-Петербурга — начальником сектора, начальником управления продажи акций, заместителем председателя. Приобретенный опыт общения с людьми в должности секретаря РК ВЛКСМ Пушкинского района города Ленинграда в конце восьмидесятых годов и в должности заместителя по организационной работе председателя Павловского горсовета народных депутатов Санкт-Петербурга в начале девяностых годов оказался бесценным и на последующих руководящих должностях.

С первых дней работы в СЗП Андрею Михайловичу был вверен очень ответственный участок работы. Ему и его команде предстояло разобраться с имущественными объектами 14 дочерних предприятий пароходства. В девяностые годы прошлого столетия, когда СЗП наряду с другими российскими предприятиями оказалось в новых условиях ведения бизнеса, нужно было совершенно по-иному выстраивать отношения между дочерними предприятиями холдинга, которым являлось пароходство. В СЗП не хватало специалистов, владевших вопросами оценки имущества, его регистрации, оформлением залогов для получения займов.

У некоторых крупных объектов — портов и заводов — даже не были надлежащим образом оформлены права собственности. А в начале 2000 года разрабатывалась программа строительства новых судов «Валдай», поэтому для получения кредитных средств очень важен был имидж СЗП как предприятия, соответствующего новым стандартам ведения бизнеса.

Идею назвать строящиеся суда именами православных святых предложил акционерам Андрей Михайлович. Он, верующий человек, c большим почтением относится к истории российского православия и чтит традиции Русской православной церкви.

А.М. Антонов лично занимался организацией паломнических рейсов и рейсов Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Валаам на круизных судах Северо-Западного пароходства. По инициативе Алексея Михайловича предприятие помогало восстанавливать Спасо-Преображенский собор на острове Валаам и монастырь на другом острове в Ладоге — Коневский Рождество-Богородичий.

Андрей Михайлович Антонов был избран генеральным директором Северо-Западного пароходства в октябре 2002 года — в очень сложный для предприятия период. За несколько месяцев до этого, группе миноритарных акционеров удалось совершить «переворот» и сосредоточить в своих руках контрольный пакет акций СЗП. А.М. Антонов и команда менеджеров, проделав серьезную работу, вернули позиции управляющей компании пароходства — «Новые программы и концепции».

Впереди у СЗП и генерального директора А.М. Антонова было много планов. В частности, участие в праздновании 300-летия Санкт-Петербурга в мае 2003 года. В рамках подготовки к юбилею Морской столицы пароходством были реконструированы экскурсионные теплоходы «Москва» и «Нева», дебаркадеры, модернизированы скоростные суда «Метеор», которые обслуживали в дни праздника почетных гостей. Эти мероприятия были включены в городской план подготовки к знаменательному событию.

Пароходство внесло достойный вклад в празднование юбилея города. Но всеобщий городской праздник работники компании отмечали уже при других акционерах. После смены собственника СЗП в апреле 2003 года А.М. Антонов оставил пост генерального директора.

Затем Андрей Михайлович с командой единомышленников реализовал уникальный проект. В Невском лесопарке Всеволожского района Ленинградской области, на берегу Невы была построена этнографическая усадьба «Богословка», где представлен комплекс деревянных сооружений, напоминающих «Кижи» в Онежском озере. А его «жемчужиной» является церковь Покрова Пресвятой Богородицы. Уже более десяти лет «Богословка» — одно из любимых мест отдыха петербуржцев и гостей города.